Australijanac Jack Miller startovat će na Velikoj nagradi San Marina sa najbolje startne pozicije nakon što je bio najbrži vozač na blago mokroj stazi. Najbliži Milleru bio je njegov saigrač u fabrici Ducati, Francesco Bagnaia, koji je kažnjen zbog opstrukcije nakon FP1 i u trku će krenuti sa petog mjesta.
Enea Bastianini je bio treći u kvalifikacijama, a Marco Bezzecchi četvrti, koji se pobrinuo da tri Ducati trkača krenu u trku iz prvog reda. Maverick Vinales je bio peti, a trkač Aprilije će se popeti na četvrto mjesto nakon penala Bagnaiea.
Johann Zarco je bio šesti, Luca Marini sedmi, a aktuelni svjetski šampion Fabio Quartararo startovaće sa osmog mjesta. Aleix Espargaro i Miguel Oliveira su također završili kvalifikacije među prvih deset.